Das Virus befällt zunächst die B-Lymphozyten und vermehrt sich nur langsam. Stresssituationen, ein Mangel an Zink oder Vitamin B12 sowie hormonelle Umstellungen in Pubertät, Schwangerschaft oder Wechsel können EBV aufwecken. Das aktive EBV zeigt sich als Pfeiffersches Drüsenfieber mit Angina, Fieber, Milz- und Lymphknotenschwellung. Das Immunsystem bildet Antikörper. Eine eitrige Mandelentzündung kann als Sekundärinfektion hinzukommen. EBV nistet sich in dieser Phase in innere Organe ein. Speziell in Leber und Milz, da sich dort Gifte und Schwermetalle einlagern, die das Virus als Nahrungsquelle nutzt. Das macht sie aggressiver. Ihre Neurotoxine können die Magensäureproduktion reduzieren und die Leberentgiftung belasten, zu Leber- und Milzentzündungen sowie zu Nahrungsmittelunverträglichkeiten führen, die Darmschleimhaut schädigen.
Das Virus kann sich jahrzehntelang in den Organen aufhalten, unbemerkt vom Immunsystem, da es meint, es habe den Kampf gewonnen. Darum ist es längst zum Normalbetrieb zurückgekehrt. Antikörper im Blut werden fehlinterpretiert – man sollte sie nicht nur als Hinweis auf eine durchlaufene Infektion sehen, EBV kann immer noch da sein und es bildet Gifte – einerseits toxische Ausscheidungen, die teilweise fälschlich als Borrelien diagnostiziert werden, andererseits sind abgestorbene Viren aber auch selbst giftig. Sie belasten nicht nur die Leber chronisch, sie können ein Neurotoxin bilden, das die Nervenhüllen schädigt, zu Nervenentzündungen führt und die Nervenfunktion zerstört.

Ganz harmlos ist EBV auch nicht, wenn es „schlummert“. Man kennt derzeit elf Viren, die uns nicht nur kurz streifen, sondern sich in die menschliche DNA einbauen. Dabei können sie Kontrollen außer Kraft setzen. Rund 30 Prozent der Krebsgeschehen sollen von Viren ausgelöst werden. Durch EBV etwa Lymphome (Morbus Hodgkin) und Magen- und Nasen-Rachenkrebs. Außerdem kann EBV das Risiko, an Diabetes Typ-1 zu erkranken, erhöhen. Denn Teile des Virus können Risiko-Gene für die Erkrankung einschalten. Die Wahrscheinlichkeit Lupus, eine weitere Autoimmunerkrankung, zu entwickeln, ist bei Menschen, die mit dem Epstein-Barr-Virus in Berührung gekommen sind, 50-mal höher. Multiple Sklerose, rheumatoide Arthritis, entzündliche Darmerkrankungen wie Leaky-Gut-Syndrom, juvenile idiopathische Arthritis, Hashimoto Thyreoiditis und Zöliakie können ebenfalls durch EBV ausgelöst werden. Teilweise hat auch die Schulmedizin diese Erkenntnisse, doch sie meint, EBV als Auslöser käme doch eher selten vor. Nun, wenn man den Patienten nicht dahingehend untersucht, wird man den Zusammenhang auch nicht aufdecken.

Vor allem Stress aktiviert das Virus, egal, ob er durch Unfälle, Operationen, Krankheiten, existentielle Krisen jeder Art ausgelöst wird. Es erkennt die Stresshormone und entlässt seine Neurotoxine. Das Immunsystem wird alarmiert und reagiert mit Entzündung darauf. Das kann sich als Autoimmunerkrankung Lupus erythematodes zeigen. In einer Studie wurde nachgewiesen, dass ein Transkriptionsfaktor, den das Epstein-Barr-Virus in B-Zellen einschleust, dafür verantwortlich ist.
Auch Umweltbelastungen durch Schwermetalle wie Quecksilber, Aluminium und Blei, die Entfernung von Amalgamplomben ohne Schutz, Pestizide, Schimmelpilzbefall, große Hormonschwankungen wie Pubertät, Schwangerschaft oder Wechseljahre können das Immunsystem so stark schwächen, dass sich das Virus reaktiviert und häufig in Richtung Schilddrüse wandert, wo es autoimmune Schilddrüsenerkrankungen auslösen kann. In einer Studie aus 2015 konnte es bei 80,7 Prozent bei Hashimoto Thyreoiditis und bei 62,5 Prozent bei Morbus Basedow in der Schilddrüse von Schilddrüsenpatienten nachgewiesen werden. Grippeähnliche Symptome während der Menstruation ohne Fieber sind ebenfalls häufig auf EBV zurückzuführen.